Ferramenta de IA mapeia sítios de ligação de microRNAs em RNAs circulares

Circular RNAs (circRNAs) são moléculas em forma de loop que podem influenciar a regulação de genes através de interações com microRNAs (miRNAs). Essas interações são complexas, pois os circRNAs podem existir em diferentes isoformas de comprimento total. Além disso, a junção de retro-splicing (BSJ) conecta os dois extremos do RNA, e tratar um circRNA como um transcrito linear pode ignorar informações de sequência próximas a essa junção ².

Funcionamento da ferramenta

A ferramenta desenvolvida, chamada circMAC, utiliza inteligência artificial para prever sítios de ligação de miRNAs em circRNAs. Ela recebe como entrada uma isoforma completa de circRNA e uma sequência madura de miRNA, e prediz uma probabilidade de ligação para cada nucleotídeo do circRNA. Para isso, o circMAC combina três abordagens de modelagem de sequência: atenção, que captura informações de toda a sequência do circRNA; Mamba, que modela dependências sequenciais; e uma rede neural convolucional unidimensional, que identifica padrões locais curtos associados aos sítios de ligação ^1,2.

Avaliação e resultados

Os pesquisadores avaliaram o circMAC utilizando isoformas completas de circRNAs com anotações de sítios de ligação AGO-CLIP. O conjunto de dados principal continha 19.674 pares de treinamento e 7.838 pares de teste, com 5,7% das posições de nucleotídeos rotuladas como sítios de ligação. Os resultados indicaram que o circMAC melhora a localização de sítios de ligação em nível de nucleotídeo em comparação com outros modelos ¹.